Ученые Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) разработали первый в мире мобильный анализатор последовательности генома
В начале декабря 2020 года ученые Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) разработали первый в мире мобильный анализатор последовательности генома. Новое приложение для iPhone получило название iGenomics и может использоваться в полевых условиях специалистами, занимающимися вопросами пандемии и экологии.
Приложение было разработано в дополнение к крошечным устройствам для секвенирования ДНК, производимым Oxford Nanopore. Разработчиком проекта выступил Аспин Палатник (Aspyn Palatnick), ныне инженер-программист в Facebook. Он пришел в лабораторию CSHL 14-летним стажером из средней школы и быстро уловил суть проблемы:
«Хотя секвенаторы становились все меньше и меньше, доступных технологий, позволяющих изучать ДНК на мобильном устройстве, до сих пор не было. Большая часть изучения генома выполнялась на больших кластерах серверов или ноутбуках высокого класса.»
Адъюнкт-профессор CSHL Майкл Шац (Michael Schatz) признал, что ученым приходится всюду возить с собой множество оборудования, что затрудняет исследование. Под руководством Шаца Палатник стал писать код для iGenomics — приложения, которое сможет сделать исследования генома более портативными и доступными. Работа продлилась восемь лет, но теперь пользователи смогут проводить анализ ДНК в самых удаленных местах — даже в тех, где нет доступа к Интернету.
Палатник и Шац пояснили, что алгоритм iGenomics может быстро отображать последовательности ДНК вирусных патогенов, таких как вирус гриппа или вирус Зика, и определять мутации, важные для диагностики и лечения. Они также предоставляют онлайн-руководство по анализу других вирусных геномов, например, образцов пациента с SARS-CoV-2.
«Сегодня все мы носим в карманах профессиональные фотоаппараты, и нетрудно представить, что в ближайшие пару лет у всех будут собственные секвенаторы ДНК на смартфонах, — считает Шац.»
Поделиться
Источник